Tag Archives: Big data

BIG-data hjá NextCode

Samlokufyrirlestur verður í hádeginu, klukkan 12 mánudaginn 9. febrúar. Þá ætlar Hákon Guðbjartsson frá NextCode að segja okkur frá því starfi sem þar er í gangi. Nánari lýsingu má lesa hér að neðan.

Að þessu sinni verður fyrirlesturinn haldinn í stofu M101 í Háskólanum í Reykjavík. Nemendum á 2. og 3. ári í tölvunarfræði verður einnig boðið að koma til að kynnast starfi FT og hlusta á þennan spennandi fyrirlestur.

Vinsamlega skráið ykkur með því að senda póst á ft-stjorn@ft.is eða á Facebook síðu FT.  Mætið sundvíslega!

Stjórn FT

 == Fyrirlesturinn ==
Á undanförnum árum hefur kostnaður og vinna við raðgreiningu á erfðamengi manna lækkað gífurlega.  Þannig er það nú orðið praktískt að framkvæma slíkar mælingar fyrir klínísk greiningarpróf sem og að nota slíkar erfðamælingar í stórum rannsóknum með fjölda þátttakenda.  En til þess að slíkt sé mögulegt þurfa að vera til staðar upplýsingakerfi sem leyfa mönnum að vinna úr þessum mælingum á hraðvirkan og þægilegan hátt.  Fyrirtækið NextCode vinnur nú að markaðssetningu og frekari þróun á tölvukerfum, upphaflega þróuðum hjá Íslenskri erfðagreiningu, fyrir spítala og lyfjafyrirtæki sem vilja nýta sér þessa öflugu mælitækni.

Segja má að hvergi eigi orðið „BIG-data“ betur við en um erfðaraðgreiningarsviðið.  Eitt af því sem margir þeir, sem þróa hugbúnað fyrir þessi gögn rekast fljótlega á, er að hefðbundnir venslaðir gagnagrunnar (RDBMS) henta ekki nægilega vel.  Þetta hefur leitt til þess að þeir sem vinna í lífupplýsingatækni hafa þróað fjöldann allan af skráarsniðum og sérhæfðum hugbúnaðartólum. Þannig fer mikil vinna fyrir forritara í að samræma og læra á hin ýmsu ólíku tól auk þess sem það kostar oft aukinn reiknitíma og gagnaflutning.   Stöðunni í lífupplýsingatækni svipar því á margan hátt því ástandi sem ríkti í hugbúnaðargeiranum öllum í byrjun áttunda áratugarins, fyrir daga venslaðra gagnagrunna.

Hugbúnaðarkerfi NextCode byggja á gagnagrunnstækni sem þróuð var til að auðvelda úrvinnslu á erfðaupplýsingum fengnum með hinni nýju raðgreiningartækni.  Í þessum fyrirlestri verður fjallað um GORdb kerfið, sem byggir á svokölluðum „genomic ordered relational architecture“ og notar nýstárlegt fyrirspurnarmál sem tvinnar saman eiginleika SQL og skeljaskipana í Linux.  Fjallað verður um hönnunarforsendur, kosti og galla kerfisins, því hvernig það kemur til með að nýta sér teygni  tölvuskýja, sem og áætlaða samþættingu við Hadoop tæknistakkinn.  Ef tími leyfir verða sýnd einföld dæmi um notkun kerfisins.

== Fyrirlesarinn ==
Dr. Hákon Guðbjartsson var framkvæmdastjóri upplýsingatæknisviðs hjá Íslenskri erfðagreiningu frá stofnun fyrirtækisins árið 1996 allt þar til hann tók við starfi framkvæmdastjóra upplýsingatæknisviðs hjá NextCode Health fyrir skemmstu. Hákon lauk verkfræðiprófi í rafmagnsverkfræði við Háskóla Íslands árið 1990. Framhaldsnám stundaði hann við Massachusetts Institute of Technology (MIT) og lauk þaðan meistara og doktorsprófi í rafmangsverkfræði og tölvunarfræði, árið 1992 annars vegar og 1996 hins vegar. Að loknu námi stundaði hann rannsóknir í segulómunarmyndtækni við Brighams Women’s Hospital og Harvard Medical School í Boston, þar til hann tók til starfa hjá ÍE.​​